Plateforme Médecine Moléculaire et Génomique de Marseille (M2GM) : un espace unique pour le développement de la génomique humaine

Le service d’Onco-biologie se trouvait à la Faculté Nord. Le service d’Onco-hématologie était, lui, situé à l’Hôpital Nord. Une unité de Cyto-onco-hématologie était localisée à la Timone Enfants. Le service de Biologie moléculaire était quant à lui à l’Hôpital de la Conception. L’Hématologie moléculaire à la Timone Adultes et l’Anatomopathologie était au Bâtiment Médico-Technique Timone 2. Une unité de Diagnostic prénatal se trouvait également à l’Hôpital Nord, un service de Biologie cellulaire à la Timone Enfants, de même que le service de Génétique qui comportait trois unités : génétique moléculaire, génétique chromosomique pré-natale et post-natale.

Vous êtes perdu ? Pas d’inquiétude ! Aujourd’hui, tous ces services sont regroupés sur un même étage du Biogénopôle, au sein de la Plateforme de « Médecine Moléculaire et Génomique de Marseille » (M2GM). Unique dans la région, elle comprend sur 3 000m2 : 42 pièces techniques, 8 pièces techniques bio-informatiques, 13 pièces de stockage, 3 salles de réunion, 2 salles d’étudiants, une salle de détente, 29 bureaux et un secrétariat. Encore quelques chiffres pour prendre la mesure de la plateforme : en termes d’effectif, cela représente 120 personnes dont des biologistes, des ingénieurs, des bio-informaticiens, 54 techniciens, 20 étudiants, 5 secrétaires et 2 cadres.

Les collaborations, la mutualisation des équipements et les développements qui résultent de ce regroupement font du M2GM une plateforme d’expertise et de recherche ultra performante dans des domaines d’avenir complémentaires.

« La biologie moléculaire est une activité onéreuse à petit débit car quantité d’étapes intermédiaires sont nécessaires pour obtenir des résultats. La mutualisation des équipements nous permet d’évoluer aussi bien sur un plan quantitatif que qualitatif. La force de la plateforme est d’avoir regroupé sur un même site la génétique constitutionnelle, c’est-à-dire des analyses du génome des patients, la génétique somatique, qui consiste à étudier le génome des tumeurs, la génétique prénatale, la génétique natale, la cytogénétique et la génétique moléculaire, sur des maladies fréquentes, et des maladies rares. Rares sont les centres qui conjuguent l’ensemble de ces d’activités. » (Pr Anne BARLIER, Chef du service de Biologie Moléculaire « GEnOPé -Genétique ENdocrinienne Oncologique et Pharmacogénétique » et Coordonnatrice de la Plateforme de « Médecine Moléculaire et Génomique de Marseille » - M2GM)

La génétique constitutionnelle est un domaine très encadré qui concerne les maladies héréditaires et implique par conséquent non seulement le patient, mais aussi ses apparentés. Des accréditations de l’Agence Régionale de Santé sont requises et tous les biologistes de la plateforme doivent avoir un agrément pour ce type d’analyses, attribué par l’Agence de Biomédecine.

« Notre expertise porte donc sur des maladies rares mais aussi des pathologies plus fréquentes ainsi que sur l’onco-génétique, qui s’intéresse aux cancers héréditaires, le plus connu étant bien sûr le cancer du sein. »

Un autre champ très spécialisé de la génétique constitutionnelle, encore peu connu du grand public et dans lequel la plateforme MG2M est hautement qualifiée : la pharmacogénomique. Il s’agit ici d’étudier un certain nombre de variations génétiques qui ne sont pas pathologiques en tant que telles, mais ont une influence sur la métabolisation des traitements par le patient.

« La science de la pharmacogénomique va permettre d’adapter la posologie des médicaments en fonction du métabolisme de chaque patient. C’est en particulier utilisé pour le traitement du cancer et en psychiatrie afin d’obtenir un effet optimum des traitements en les personnalisant. »

En matière de génétique somatique, le M2GM analyse non seulement les tumeurs solides, par exemple les cancers du poumon, les cancers digestifs, gynécologiques, gliomes et mélanomes, mais également les hémopathies malignes (onco-hématologie). Les examens de biologie médicale peuvent avoir une visée diagnostique, théranostique et/ou pronostique. Les tests à visée théranostique fournissent des données génétiques qui aideront au choix du traitement proposé par l’oncologue. L’équipe du M2GM intervient de fait à toutes les étapes de la prise en charge des patients atteints d’une tumeur.

Elle travaille ainsi main dans la main avec les cliniciens, qu’ils soient de la Fédération de Cancérologie ou encore des Centres de Référence Maladies Rares (CRMR), en essayant toujours de répondre au mieux à leurs demandes. Les cliniciens peuvent d’ailleurs s’appuyer sur le catalogue des examens de Biologie de l’AP-HM pour établir leurs bons de prescription et obtenir des informations et conseils sur l’ensemble des examens réalisés au BIOGENOPOLE dirigé par le Pr Bruno LACARELLE.

« La biologie moléculaire est une technique ultra-sensible. Nous pouvons, entre autres, de plus en plus travailler sur ce que l’on appelle l’ADN circulant. Par exemple dans le cancer du poumon : au lieu de pratiquer une biopsie dans la tumeur, nous sommes en mesure de détecter dans un simple prélèvement sanguin des acides nucléiques qui proviennent de cette tumeur. Cela nous permet de rechercher des mutations non pas sur la tumeur elle-même mais dans l’acide nucléique tumoral circulant. Même chose dans le diagnostic prénatal : nous sommes capables aujourd’hui de détecter de l’ADN fœtal circulant dans le sang de la maman, évitant à cette dernière une biopsie de trophoblaste. »

Le potentiel de développement d’une telle plateforme est exponentiel de par son très large champ d’expertise. Les capacités de séquençage ne cessent d’augmenter à grande vitesse, impliquant bien sûr plusieurs challenges à relever en termes d’interprétation de données de plus en plus nombreuses, d’automatisation et d’intégration de l’intelligence artificielle, de stockage… mais la configuration du M2GM est adaptée à ce type de défis.

« La médecine de demain sera une médecine moléculaire, avec une adaptation de plus en plus personnalisée des traitements en fonction des profils moléculaires des patients. Et si pour le moment notre contribution est particulièrement importante dans les maladies rares et en oncologie, à l’avenir d’autres champs vont s’ouvrir : diminution des patients en impasse diagnostique, développement des dépistages non invasifs, analyse des profils moléculaires pour connaître l’impact de nouveaux traitements comme pour, très récemment, la maladie d’Alzheimer. »