Les micro-organismes responsables de l’OMA sont ceux qui sont présents dans le cavum de l’enfant. C’est en effet au niveau du rhino-pharynx, rapidement colonisé après la naissance par ces micro-organismes que l’oreille va puiser, par la voie de la trompe d’Eustache, un ou plusieurs d’entre eux. Les principaux germes isolés par paracentèse sont en France :

• Haemophilus influenzae : il est résistant à l’amoxicilline par production de bêta-lactamases dans environ 35 % des cas, mais avec une prévalence régionale très variable puisqu’elle peut atteindre 60 % dans les départements situés dans le nord de la France. Des souches non typables sont apparues avec résistance plasmidique.

• Streptococcus pneumoniae ou pneumocoque  : l’émergence de souches de pneumocoque de sensibilité diminuée à la pénicilline a constitué l’événement épidémiologique majeur dans l’OMA au début de la décennie 90. Elles sont aujourd'hui redevenues minoritaires.

• Moraxella catarrhalis.