Le premier partenaire de l’IFMEM est l’Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille qui assure sa gestion et lui fourni la plupart de ses stages. 

La Région qui assure le financement du fonctionnement des Instituts paramédicaux.

Les Cadres de Santé Supérieurs et les Cadres de Santé responsables des terrains de stages cliniques pratiques qui élaborent et mettent en œuvre une politique d’accueil et d’encadrement des stagiaires de l’IFMEM.

Les Professionnels de Santé paramédicaux, notamment les tuteurs des étudiants qui accueillent et accompagnent les étudiants sur les terrains de stages.

La Faculté de Médecine d'Aix-Marseille avec laquelle une convention a été signée. Cette convention détermine les modalités de participation de l'université à la formation.

Les autres écoles et Instituts avec lesquels un échange de cours en lien avec les compétences de chacun est organisé.

Les organismes en lien avec la Formation comme « l’Espace éthique », « le Comité Régional d’Éducation pour la Santé PACA»…

Le Comité d’harmonisation des centres de formation de Manipulateurs d’Électroradiologie Médicale qui fait le lien entre les formations D.E. et D.T.S.