Unique en France, la plateforme de Médecine Moléculaire et Génomique de Marseille (M2GM) accompagne les cliniciens dans la réalisation et l’interprétation d’analyses de biologie moléculaire et de génomique. Afin de mieux comprendre son organisation et ses missions, nous avons rencontré la Professeure Anne BARLIER.

Située au sein du BioGénoPôle, la Plateforme M2GM centralise l’ensemble des analyses génétiques et moléculaires de l’AP-HM. Elle collabore étroitement avec les centres maladies rares ainsi qu’avec la fédération de cancérologie, pour lesquels les analyses génétiques jouent un rôle essentiel dans le diagnostic, le pronostic et la prise en charge thérapeutique. La Plateforme d’Expertise Maladies Rares de l’AP-HM (PEMR-APHM) a ainsi rencontré la Professeure Anne BARLIER, coordinatrice du M2GM, qui nous a présenté le fonctionnement et les missions de cette structure.

La Professeure Anne BARLIER coordonne la plateforme M2GM de l’AP-HM

• Comment s’intègre la Plateforme M2GM au sein du biogénopole ?

Le pôle biologie, dirigé par le professeur Bruno LACARELLE, regroupe l’ensemble des laboratoires d’analyse de l’AP-HM, à l’exception de ceux dédiés aux agents infectieux. La grande majorité de ces services est concentrée au BioGénoPôle, situé sur le campus de l’hôpital de la Timone et organisé sur trois niveaux :

- Rez-de-chaussée : le plateau technique consacré aux analyses courantes, traitant quotidiennement entre 6 000 et 7 000 prélèvements et les services de biochimie, d’hématologie et d’immunologie spécialisées

- 1^er étage : la plateforme M2GM traitant annuellement environ 30 000 prélèvements

- 2^e étage : la plateforme PRISM de spectrométrie de masse regroupant le service de pharmacotoxicologie, spécialisé dans la recherche et le dosage des médicaments et des substances toxiques et le service de Biochimie, spécialisé dans le dosage d’hormones

• Pouvez-vous nous présenter les missions de la plateforme M2GM ?

La plateforme M2GM a pour mission d’accompagner les cliniciens dans leur pratique de la médecine de précision et de la médecine génomique, aussi bien en période prénatale que postnatale.

Environ la moitié des analyses réalisées concernent les maladies rares, 40 % portent sur les cancers et le reste sur des pathologies génétiques plus fréquentes, comme la recherche des facteurs de Leiden ou de l’hémochromatose.

Environ 30 % de l’activité dans les maladies rares est dédiée aux services de l’AP-HM, tandis que le reste concerne des établissements extérieurs, témoignant du rayonnement national de la plateforme. La plateforme est laboratoire de référence pour de nombreuses pathologies en lien avec les CRMR de l’AP-HM.

• Quels sont les technologies et les équipements clés que vous utilisez ?

La plateforme s’appuie sur plusieurs équipements indispensables à son fonctionnement, notamment des technologies de séquençage de pointe comme :

- Séquenceurs de 2ᵉ génération (Next Generation Sequencing – NGS). Plusieurs équipements sont disponibles pour réaliser du séquençage « short read » de l’ADN et de l’ARN,  somatique et constitutionnel, tout en s’adaptant aux contraintes de temps pour le rendu de résultat en fonction de l’indication. Environ 15 000 séquençages NGS ont été réalisés en 2025.

- PCR digitale : cette technologie permet une quantification absolue et très précise des acides nucléiques mais aussi la détection d’acides nucléiques portant des évènements rares dans le sang circulant comme l’ADN tumoral circulant (biopsies liquides) ou l’ADN fœtal circulant dans le cadre du diagnostic prénatal non invasif.

• Comment se déroule le parcours d’un échantillon, de sa réception jusqu’à l’analyse finale et la restitution des résultats ?

Un catalogue des examens de biologie, régulièrement actualisé, est disponible en ligne. Lorsqu’un clinicien souhaite prescrire une analyse réalisée par la plateforme M2GM, il doit au préalable compléter un formulaire de prescription disponible dans le catalogue. Il est essentiel que celui-ci soit renseigné avec précision afin de garantir une prise en charge rapide et optimale des échantillons.

Les prélèvements sont ensuite traités dans le « wet lab », où sont réalisées l’extraction des acides nucléiques puis les analyses biologiques  générant des données moléculaires.

Ces données sont ensuite exploitées dans le « dry lab » par une équipe de cinq bioinformaticiens, avant d’être examinées par des biologistes spécialisés. Ces derniers interprètent les résultats puis transmettent un compte rendu au médecin prescripteur. Au sein du M2GM, une trentaine de biologistes interviennent, chacun expert dans des pathologies spécifiques.

Dans les cas les plus complexes, l’interprétation des résultats est discutée au cours de réunions de concertation pluridisciplinaire qui réunissent différents experts cliniciens, biologistes moléculaires et généticiens.

• Comment gérez-vous la masse de données générées par le séquençage et quelles sont les mesures prises pour garantir leur sécurité et confidentialité ?

Les données issues du séquençage sont prises en charge et conservées par la Direction des Services Numériques (DSN) de l’AP-HM, certifiée ISO 27001 pour la gestion sécurisée de l’hébergement des données de santé (HDS).

Selon leur date de production, ces données sont classées en deux catégories : les « données chaudes », en cours de traitement nécessitant un accès rapide, et les « données froides », archivées comme l’exige la législation française.

Les données chaudes sont hébergées sur des infrastructures performantes permettant un accès immédiat, tandis que les données froides sont archivées sur des supports plus économes, adaptés à une consultation moins fréquente.

La question du stockage est devenue un enjeu majeur, les structures informatiques devant gérer un volume de données toujours plus important.

• Quels sont les projets de recherche ou développements innovants actuellement menés au sein de la plateforme M2GM ?

La plateforme M2GM collabore avec de nombreuses équipes hospitalières, au sein de l’AP-HM comme en dehors, sur différents projets de recherche, parmi lesquels :

- Séquençage de l’ARN appliqué aux maladies neuromusculaires

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Les maladies neuromusculaires pédiatriques demeurent fréquemment sans diagnostic génétique malgré les analyses moléculaires conventionnelles. Un PHRC impliquant le Dr Svetlana Gorokhova évalue différents outils bioinformatiques basés sur le séquençage de l’ARN (RNA-seq) afin d’améliorer l’interprétation des variants génétiques et d’optimiser le diagnostic de ces pathologies.

- Étude des tumeurs hypophysaires agressives

Bien que les tumeurs hypophysaires soient le plus souvent bénignes et efficacement traitées, certaines formes rares présentent un comportement plus agressif et peuvent récidiver après chirurgie. Un projet, financé par la CMA-CGM et mené par le Dr Pauline Romanet, a pour objectif d’analyser l’ADN et l’ARN de ces tumeurs récidivantes chez des patients suivis à l’AP-HM, afin d’identifier des anomalies génétiques associées au risque de récidive et de développer de nouvelles approches thérapeutiques adaptées.

• La plateforme propose-t-elle des formations pour les agents de l’AP-HM ?

Les équipes de la plateforme participent régulièrement à des congrès et à des événements scientifiques, notamment dans le cadre des journées organisées par les filières et les centres de maladies rares au niveau local et national.

À ce jour, la plateforme ne propose pas encore de formation locale pour les professionnels de l’AP-HM. Toutefois, en collaboration avec la PEMR-APHM, nous envisageons d’organiser des visites de la plateforme M2GM destinées au personnel médical et paramédical. Ces rencontres leur permettront de mieux comprendre son organisation ainsi que les différentes étapes de l’analyse des échantillons, tout en échangeant avec les professionnels impliqués dans cette activité.

• Quels sont les principaux défis que vous rencontrez dans le fonctionnement quotidien de la plateforme ?

Le projet BioGénoPôle des Hôpitaux Universitaires de Marseille a été développé afin d’optimiser l’analyse des échantillons biologiques, aussi bien en termes d’efficacité, d’économie financière que de qualité de vie au travail. Avant la création de cette structure centralisée, les activités étaient réparties sur quatre hôpitaux et plusieurs bâtiments, générant d’importantes contraintes logistiques, des délais dans le traitement des demandes et des difficultés de mutualisation des équipements les plus coûteux.

Aujourd’hui, les principaux enjeux concernent le « dry lab », c’est-à-dire l’étape d’interprétation et de stockage des données issues des analyses. À terme, la plateforme souhaiterait intégrer des outils d’intelligence artificielle afin d’accompagner les biologistes dans l’interprétation des résultats, mais leur déploiement reste actuellement limité par des contraintes de puissance de calcul du serveur.

• Quelles sont vos perspectives pour les prochaines années ?

Nos principales perspectives et défis à relever sont:

1) l’extension de l’automatisation de nos process pour faire face à une augmentation régulière  de l’activité d’environ 30 % par an,

2) un déploiement adapté  du « dry lab » en termes de puissance de calcul et de stockage informatique,

3) la mise en place du séquençage de 3ᵉ génération. Ce séquençage à longues lectures (long read) permet d’analyser des fragments d’ADN de grande taille. Cette technologie offre des applications majeures, notamment pour l’identification de variations structurelles du génome, l’analyse de régions répétées et d’autres anomalies non détectées par le séquençage NGS (« short read ») et afin de maintenir la plateforme  à la pointe de l’innovation technologique pour répondre toujours plus efficacement aux besoins des prescripteurs.

Merci à la Professeure BARLIER et à l’ensemble de son équipe pour leur engagement quotidien en faveur de l’amélioration de la qualité et de l’efficacité des examens de biologie moléculaire et de génomique à l’AP-HM, contribuant ainsi à une meilleure prise en charge des patients.