Biologie moléculaire

Biologie moléculaire - Hôpital de la Conception

Tél. secrétariat : 04 91 38 39 16
Tél. laboratoire : 04 91 38 13 42
Fax : 04 91 38 38 94

Hôpital de la Conception, 1^er étage

Equipe

medecins:

Pr Anne BARLIER
Dr Jean-Louis BERGE-LEFRANC
Jean-louis.BERGE-LEFRANC@ap-hm.fr
Dr Pauline ROMANET
Dr Alexandru SAVEANU

Hôpitaux Universitaires de Marseille Conception

Disciplines:

Biologie moléculaire

Oncogénétique constitutionnelle

Spécialités:

Pseudohypoparathyroïdie

Anomalie de méthylation

Diarrhée chlorée congénitale

Traitements:

Biologie

Biomarqueurs

Méthylation de l'ADN

Diagnostic génétique de maladies rares

Chefs de services:

ENJALBERT Alain

Hôpital secteur:

Hôpital de la Conception

Pathologies

Pathologies:

Activité oncogénétique constitutionnelle :
- Néoplasies Endocriniennes Multiples de type I, gène NEM1 (Pr A. BARLIER)
- Néoplasies Endocriniennes Multiples de type II, gène RET (Pr A. BARLIER)
- Néoplasies Endocriniennes multiples de type IV, gène CDKN1B (Pr A. BARLIER)
- Maladie de Von Hippel Lindau, gène VHL (Pr A. BARLIER)
- Adénomes hypophysaires, gène AIP, gène MEN1 Pr A. BARLIER)
- X-Linked AcroGigamtism, duplication Xq26.3, gène GPR101 (Dr P. ROMANET)
- Pheochromocytome et paragangliome héréditaire, gènes SDHB, C, D, A, AF2 (5), TMEM127, MAX, FH, NF1, RET (Pr A. BARLIER)
- Tumeurs rénales : gènes VHL, FH, FLCN1, MET (Pr A. BARLIER)
- Tumeurs endocrines digestives : gènes MEN1, VHL (Pr A. BARLIER)
- Hyperparathyroïdie primaire et hypercalcémies familiales : gène MEN1, HRPT2, CDKN1B, CaSR, GNA11, AP2S1 (Dr P. ROMANET)
- Syndome de McCune Albright, gène GNAS (Dr P. ROMANET)

Activité Maladies rares :
- Hémochromatose et maladies rares de surcharges en fer : gènes HFE, HJV, HAMP, TFR2, SLC40A1, FTL, BMP6 (Dr J.-L. BERGÉ-LEFRANC)
- Maladie de Hirschprung, gène RET (Pr A. BARLIER)
- Déficits en myophosphorylase, glycogénose de type V, Maladie de McArdle, gène PYGM (Dr J.-L. BERGÉ-LEFRANC)
- Diarrhée chlorée congénitale, gène SLC26A3 (Dr C. BUFFAT)
- Pseudohypoparathyroïdies de type IA et IB, gène GNAS et analyse de la méthylation (Dr P. ROMANET)
- Neurofibromatose de type 1 et de type 2 : gène NF1 et NF2 (Pr A. BARLIER)
- Sclérose Tubéreuse de Bourneville gènes TSC1, TSC2 (Pr A. BARLIER)
- Déficits hypophysaires combinés ou isolés (Dr A. SAVEANU) :
  - Déficit corticotrope isolé : gènes TBX19 et NFKB2
  - Déficit isolé en GH non syndromique : gènes GH1, GHRH, GHSR, HESX1, PROP1, RNPC3, LHX4, POU1F1, GLI2 et SOX3
  - Déficit isolé en GH syndromique : HESX1, LHX4, GLI2, SOX3 et PROKR2
  - Déficit thyréotrope isolé : gènes TSHB, TRHR et IGSF1
  - Dysplasie septo-optique associée à un déficit hypophysaire : HESX1, OTX2, SOX2 et SOX3
  - Déficit hypophysaire combiné non syndromique : PROP1, POU1F1, GH1, IGFS1, HESX1, TBX19, LHX4, GLI2, LHX3 et SOX3
  - Déficit hypophysaire combiné syndromique : HESX1, LHX4, SOX2, GLI2, SOX3, LHX3, OTX2, IGSF1, FGF6, PROKR2 et PROP1

Susceptibilité génétique à :
- la Maladie d'Alzheimer, génotypage de l'APOE (Dr J.-L. BERGÉ-LEFRANC)

Biomarqueurs pronostiques ou thérapeutiques :
- de sensibilité au traitement par témozolomide (méthylation du promoteur de MGMT) dans les glioblastomes (Pr A. BARLIER)
- de sensibilité aux agonistes somatostatinergiques par quantification des récepteurs somatostatinergiques (Dr A. SAVEANU, Pr A. BARLIER)

Métabolismes pharmaco - pharmacogénomique : CYP2D6, CYP2C19, (Dr J.-L. BERGÉ-LEFRANC)

Techniques et traitements

Techniques et traitements:

Traitement des acides nucléiques :
- Extraction: ARN, ADN, ADN circulant
- Conversion au bisulfite de sodium
- Réverse transcription
- Qualification par électrophorèse

Séquençage et génotypage :
- Séquençage Haut Débit – NGS Miseq
- Séquençage Sanger
- Pyroséquençage : génotypage,
- Allele specific nucléotide (ASO)
- PCR-RFLP

Recherche de variation du nombre de copies (CNV) :
- Multiplex ligand probe amplification (MLPA)
- PCR quantitative en temps réel multiplex

Étude de la méthylation de l’ADN :
- Methylation Specific Multiplex ligand probe amplification (MLPA)
- Pyroséquençage après conversion au bisulfite de sodium

Étude de l’expression génique :
- PCR quantitative en temps réel multiplex

Publications

Publications:

Filières :

FIRENDO : Filière Maladies Rares ENDOcrinennes
ORKID : Filière maladies rénales rares (OR KIdney Disease)
OSCAR : Filière maladies rares de l'os, du calcium et du cartilage

Réseaux :

Réseau National d’oncogénétique des tumeurs endocrines. TENGEN Coordonnateur Pr Anne BARLIER, Laboratoire de Biologie Moléculaire Hôpital de la Conception, CHU Marseille.
Réseau ANPGM des laboratoire de génétique moléculaire des Maladies rares Endocriniennes, coordonnateur Pr Anne BARLIER, Laboratoire de Biologie Moléculaire Hôpital de la Conception, CHU Marseille
Réseau PREDIR Maladie de VHL et prédispositions héréditaires au cancer du rein, Coordonateur Pr Stéphane RICHARD
Centre de référence maladies rares hypophysaires DEFHY Pr T. BRUE, Service d'endocrinologie CHU Timone, Marseille.
Réseau national de Prise en Charge des Tumeurs (neuro)-Endocrines Malignes rares sporadiques et héréditaires (RENATEN) Pr NICCOLI
Centre de Compétence "maladies rares des surcharges en Fer" Pr D. BOTTA-FRIDLUND, Service d'Hépatologie hôp. Conception Marseille.

Projets de recherche et contrats avec l’industrie pharmaceutique :

French Endocrine Tumors Group – Novartis SAS	2015	Interome and cell survival in endocrine tumors (€ 15,000)	Anne Barlier
French Foundation	2014	Signalome and Ras/ERK pathways in resistance to endocrine tumors (€ 110,000)	Anne Barlier
French Endocrine Society	2013	Role of tumor microenvironment in GEPNETS (Role of tumor microenvironment in GEPNETS (€ 30,000)	Anne Barlier
INSERM	2013	Role of tumor microenvironment in GEPNETS (€ 30,000)	Anne Barlier
Ipsen Biomeasure	2010-16	Comparative and mechanistics studies of somatostatine-dopamine (dopastatin) analogs (€ 130,000)	Alexandru Saveanu
Novartis	2012-16	pi3kinase/Akt/mTor pathway inhibition on cell proliferation and secretion of human neuroendocrine tumors (€ 50,000)	Anne Barlier
Pfizer	2010-15	PERSPICACITY PEgvisomant Role on Secretion, Proliferation and IntraCellular pAthways in GH Cells in pITuitarY (€ 130,000)	Anne Barlier

Publications :

2017 (en cours) :

Brue T, Saveanu A, Jullien N, Fauquier T, Castinetti F, Enjalbert A, Barlier A, Reynaud R. Lessons from monogenic causes of growth hormone deficiency. Ann Endocrinol (Paris). 2017 May 5. pii: S0003-4266(17)30025-2. doi: 10.1016/j.ando.2017.04.001. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 28483366.
Abdullah AE, Guerin C, Imperiale A, Barlier A, Battini S, Pertuit M, Roche P, Essamet W, Vaisse B, Pacak K, Sebag F, Taïeb D. Paraganglioma of the organ of Zuckerkandl associated with a somatic HIF2α mutation: A case report. Oncol Lett. 2017 Mar;13(3):1083-1086. doi: 10.3892/ol.2017.5599. Epub 2017 Jan 12. PubMed PMID: 28454217; PubMed Central PMCID: PMC5403169.
Mohamed A, Romano D, Saveanu A, Roche C, Albertelli M, Barbieri F, Brue T, Niccoli P, Delpero JR, Garcia S, Ferone D, Florio T, Moutardier V, Poizat F, Barlier A, Gerard C. Anti-proliferative and anti-secretory effects of everolimus on human pancreatic neuroendocrine tumors primary cultures: is there any benefit from combination with somatostatin analogs? Oncotarget. 2017 Apr 10. doi: 10.18632/oncotarget.17008. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 28454119.
Maignan A, Guerin C, Julliard V, Paladino NC, Kim E, Roche P, Castinetti F, Essamet W, Mancini J, Imperiale A, Clifton-Bligh R, Romanet P, Barlier A, Pacak K, Sebag F, Taïeb D. Implications of SDHB genetic testing in patients with sporadic pheochromocytoma. Langenbecks Arch Surg. 2017 Feb 22. doi: 10.1007/s00423-017-1564-y. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 28229225.
Kern B, Coppin L, Romanet P, Crépin M, Szuster I, Renaud F, Leteurtre E, Frénois F, Wemeau JL, Carnaille B, Cardot-Bauters C, Cao CD, Pigny P. Multiple HABP2 variants in familial papillary thyroid carcinoma: Contribution of a group of "thyroid-checked" controls. Eur J Med Genet. 2017 Mar;60(3):178-184. doi: 10.1016/j.ejmg.2017.01.001. Epub 2017 Jan 9. PubMed PMID: 28089742.

2016 :

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Chen S, Cavazza E, Barlier C, Salleron J, Filhine-Tresarrieu P, Gavoilles C, Merlin JL, Harlé A. Beside P53 and PTEN: Identification of molecular alterations of the RAS/MAPK and PI3K/AKT signaling pathways in high-grade serous ovarian carcinomas to determine potential novel therapeutic targets. Oncol Lett. 2016 Nov;12(5):3264-3272. Epub 2016 Sep 2. PubMed PMID: 27899992; PubMed Central PMCID: PMC5103928.
Romanet P, Guerin C, Pedini P, Essamet W, Castinetti F, Sebag F, Roche P, Cascon A, Tischler AS, Pacak K, Barlier A, Taïeb D. Pathological and Genetic Characterization of Bilateral Adrenomedullary Hyperplasia in a Patient with Germline MAX Mutation. Endocr Pathol. 2016 Nov 12. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 27838885.
Thiele S, Mantovani G, Barlier A, Boldrin V, Bordogna P, De Sanctis L, Elli FM, Freson K, Garin I, Grybek V, Hanna P, Izzi B, Hiort O, Lecumberri B, Pereda A, Saraff V, Silve C, Turan S, Usardi A, Werner R, de Nanclares GP, Linglart A. From pseudohypoparathyroidism to inactivating PTH/PTHrP signalling disorder (iPPSD), a novel classification proposed by the EuroPHP network. Eur J Endocrinol. 2016 Dec;175(6):P1-P17. Epub 2016 Jul 11. Review. PubMed PMID: 27401862.
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Daly AF, Yuan B, Fina F, Caberg JH, Trivellin G, Rostomyan L, de Herder WW, Naves LA, Metzger D, Cuny T, Rabl W, Shah N, Jaffrain-Rea ML, Zatelli MC, Faucz FR, Castermans E, Nanni-Metellus I, Lodish M, Muhammad A, Palmeira L, Potorac I, Mantovani G, Neggers SJ, Klein M, Barlier A, Liu P, Ouafik L, Bours V, Lupski JR, Stratakis CA, Beckers A. Somatic mosaicism underlies X-linked acrogigantism syndrome in sporadic male subjects. Endocr Relat Cancer. 2016 Apr;23(4):221-33. doi: 10.1530/ERC-16-0082. Epub 2016 Mar 2. PubMed PMID: 26935837; PubMed Central PMCID: PMC4877443.
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Chauvet N, Romanò N, Meunier AC, Galibert E, Fontanaud P, Mathieu MN, Osterstock G, Osterstock P, Baccino E, Rigau V, Loiseau H, Bouillot-Eimer S, Barlier A, Mollard P, Coutry N. Combining Cadherin Expression with Molecular Markers Discriminates Invasiveness in Growth Hormone and Prolactin Pituitary Adenomas. J Neuroendocrinol. 2016 Feb;28(2):12352. doi: 10.1111/jne.12352. PubMed PMID: 26686489.

2015 :

Daly AF, Lysy PA, Desfilles C, Rostomyan L, Mohamed A, Caberg JH, Raverot V, Castermans E, Marbaix E, Maiter D, Brunelle C, Trivellin G, Stratakis CA, Bours V, Raftopoulos C, Beauloye V, Barlier A, Beckers A. GHRH excess and blockade in X-LAG syndrome. Endocr Relat Cancer. 2016 Mar;23(3):161-70. doi: 10.1530/ERC-15-0478. Epub 2015 Dec 15. PubMed PMID: 26671997.
Archier A, Varoquaux A, Garrigue P, Montava M, Guerin C, Gabriel S, Beschmout E, Morange I, Fakhry N, Castinetti F, Sebag F, Barlier A, Loundou A, Guillet B, Pacak K, Taïeb D. Prospective comparison of (68)Ga-DOTATATE and (18)F-FDOPA PET/CT in patients with various pheochromocytomas and paragangliomas with emphasis on sporadic cases. Eur J Nucl Med Mol Imaging. 2016 Jul;43(7):1248-57. doi: 10.1007/s00259-015-3268-2. Epub 2015 Dec 5. PubMed PMID: 26637204.
Taïeb D, Barlier A, Yang C, Pertuit M, Tchoghandjian A, Rochette C, Zattara-Canoni H, Figarella-Branger D, Zhuang Z, Pacak K, Metellus P. Somatic gain-of-function HIF2A mutations in sporadic central nervous system hemangioblastomas. J Neurooncol. 2016 Feb;126(3):473-81. doi: 10.1007/s11060-015-1983-y. Epub 2015 Oct 29. PubMed PMID: 26514359.
Nielsen HM, How-Kit A, Guerin C, Castinetti F, Vollan HK, De Micco C, Daunay A, Taieb D, Van Loo P, Besse C, Kristensen VN, Hansen LL, Barlier A, Sebag F, Tost J. Copy number variations alter methylation and parallel IGF2 overexpression in adrenal tumors. Endocr Relat Cancer. 2015 Dec;22(6):953-67. doi: 10.1530/ERC-15-0086. Epub 2015 Sep 23. PubMed PMID: 26400872; PubMed Central PMCID: PMC4621769.
Thevenon J, Bourredjem A, Faivre L, Cardot-Bauters C, Calender A, Le Bras M, Giraud S, Niccoli P, Odou MF, Borson-Chazot F, Barlier A, Lombard-Bohas C, Clauser E, Tabarin A, Pasmant E, Chabre O, Castermans E, Ruszniewski P, Bertherat J, Delemer B, Christin-Maitre S, Beckers A, Guilhem I, Rohmer V, Goichot B, Caron P, Baudin E, Chanson P, Groussin L, Du Boullay H, Weryha G, Lecomte P, Schillo F, Bihan H, Archambeaud F, Kerlan V, Bourcigaux N, Kuhn JM, Vergès B, Rodier M, Renard M, Sadoul JL, Binquet C, Goudet P. Unraveling the intrafamilial correlations and heritability of tumor types in MEN1: a Groupe d'étude des Tumeurs Endocrines study. Eur J Endocrinol. 2015 Dec;173(6):819-26. doi: 10.1530/EJE-15-0691. Epub 2015 Sep 21. PubMed PMID: 26392472.
Rostomyan L, Daly AF, Petrossians P, Nachev E, Lila AR, Lecoq AL, Lecumberri B, Trivellin G, Salvatori R, Moraitis AG, Holdaway I, Kranenburg-van Klaveren DJ, Chiara Zatelli M, Palacios N, Nozieres C, Zacharin M, Ebeling T, Ojaniemi M, Rozhinskaya L, Verrua E, Jaffrain-Rea ML, Filipponi S, Gusakova D, Pronin V, Bertherat J, Belaya Z, Ilovayskaya I, Sahnoun-Fathallah M, Sievers C, Stalla GK, Castermans E, Caberg JH, Sorkina E, Auriemma RS, Mittal S, Kareva M, Lysy PA, Emy P, De Menis E, Choong CS, Mantovani G, Bours V, De Herder W, Brue T, Barlier A, Neggers SJ, Zacharieva S, Chanson P, Shah NS, Stratakis CA, Naves LA, Beckers A.
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Graillon T, Defilles C, Mohamed A, Lisbonis C, Germanetti AL, Chinot O, Figarella-Branger D, Roche PH, Adetchessi T, Fuentes S, Metellus P, Dufour H, Enjalbert A, Barlier A. Combined treatment by octreotide and everolimus: Octreotide enhances inhibitory effect of everolimus in aggressive meningiomas. J Neurooncol. 2015 Aug;124(1):33-43. doi: 10.1007/s11060-015-1812-3. Epub 2015 May 27. PubMed PMID: 26015296.
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Imperiale A, Moussallieh FM, Roche P, Battini S, Cicek AE, Sebag F, Brunaud L, Barlier A, Elbayed K, Loundou A, Bachellier P, Goichot B, Stratakis CA, Pacak K, Namer IJ, Taïeb D. Metabolome profiling by HRMAS NMR spectroscopy of pheochromocytomas and paragangliomas detects SDH deficiency: clinical and pathophysiological implications. Neoplasia. 2015 Jan;17(1):55-65. doi: 10.1016/j.neo.2014.10.010. PubMed PMID: 25622899; PubMed Central PMCID: PMC4309730.
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Dénes J, Swords F, Rattenberry E, Stals K, Owens M, Cranston T, Xekouki P, Moran L, Kumar A, Wassif C, Fersht N, Baldeweg SE, Morris D, Lightman S, Agha A, Rees A, Grieve J, Powell M, Boguszewski CL, Dutta P, Thakker RV, Srirangalingam U, Thompson CJ, Druce M, Higham C, Davis J, Eeles R, Stevenson M, O'Sullivan B, Taniere P, Skordilis K, Gabrovska P, Barlier A, Webb SM, Aulinas A, Drake WM, Bevan JS, Preda C, Dalantaeva N, Ribeiro-Oliveira A Jr, Garcia IT, Yordanova G, Iotova V, Evanson J, Grossman AB, Trouillas J, Ellard S, Stratakis CA, Maher ER, Roncaroli F, Korbonits M. Heterogeneous genetic background of the association of pheochromocytoma/paraganglioma and pituitary adenoma: results from a large patient cohort. J Clin Endocrinol Metab. 2015 Mar;100(3):E531-41. doi: 10.1210/jc.2014-3399. Epub 2014 Dec 12. PubMed PMID: 25494863; PubMed Central PMCID: PMC4333031.
Trivellin G, Daly AF, Faucz FR, Yuan B, Rostomyan L, Larco DO, Schernthaner-Reiter MH, Szarek E, Leal LF, Caberg JH, Castermans E, Villa C, Dimopoulos A, Chittiboina P, Xekouki P, Shah N, Metzger D, Lysy PA, Ferrante E, Strebkova N, Mazerkina N, Zatelli MC, Lodish M, Horvath A, de Alexandre RB, Manning AD, Levy I, Keil MF, Sierra Mde L, Palmeira L, Coppieters W, Georges M, Naves LA, Jamar M, Bours V, Wu TJ, Choong CS, Bertherat J, Chanson P, Kamenický P, Farrell WE, Barlier A, Quezado M, Bjelobaba I, Stojilkovic SS, Wess J, Costanzi S, Liu P, Lupski JR, Beckers A, Stratakis CA. Gigantism and acromegaly due to Xq26 microduplications and GPR101 mutation. N Engl J Med. 2014 Dec 18;371(25):2363-74. doi: 10.1056/NEJMoa1408028. Epub 2014 Dec 3. PubMed PMID: 25470569; PubMed Central PMCID: PMC4291174.